Измерения ионосферы в Якутске начались в феврале 1956 г. В конце 1957 г. в Якутск был привезен новый ионозонд АИС, который начал работать регулярно с июня 1958 г. Начались круглосуточные измерения ионосферных параметров и обработка полученного материала по программе МГГ. В радио прогностические центры в Якутске, Москве, Хабаровске и Новосибирске, через каждые 3 часа по телеграфу, стали регулярно посылаться данные по программе «Ионосферная служба». Станция «Якутск» стала опорной для Северо-Востока СССР в программе подготовки прогнозов распространения коротких радиоволн в числе четырех других ионосферных станций на территории страны.
В 1965 г. станция была преобразована в лабораторию ионосферных исследований ИКФИА ЯФ СО АН СССР. Перед лабораторией была поставлена научная задача: экспериментальное исследование характеристик ионосферы над Якутском методами наземного зондирования и влияние состояния ионосферы на работу коротковолновых радиолиний.
В настоящее время ионосферная станция «Якутск» является одним из трех основных пунктов меридиональной цепочки Якутск – Жиганск – Тикси. Включена в мировую сеть ионосферных станций под кодом YA462 — (62.0 N, 129.6 E) Yakutsk, Russia. Оснащена современной аппаратурой для наблюдения динамики и структуры ионосферы – цифровой ионосферной станцией (дигизондом) DPS-4 производства США.