Институт создан в 1962 году распоряжением Совета Министров РСФСР от 21 августа 1962 года № 3807-р как Институт космофизических исследований и аэрономии Сибирского отделения АН СССР.
Организатором и первым директором Института был Ю.Г. Шафер.
Постановлением Президиума РАН от 21 января 2003 г. № 22 Институту присвоено имя Ю.Г. Шафера.
Основные научные направления:
Астрофизика космических лучей
Солнечно-земная физика

[New] Данные ИКФИА СО РАН

[New] Оперативные данные грозовой активности в  Якутии

Ионосфера над Якутском

Уровень магнитной возмущенности

Данные риометра Тикси

Данные измерений интенсивности космических лучей в Якутске и Тикси