Институт создан в 1962 году распоряжением Совета Министров РСФСР от 21 августа 1962 года № 3807-р как Институт космофизических исследований и аэрономии Сибирского отделения АН СССР.

Организатором и первым директором Института был Ю.Г. Шафер.

Постановлением Президиума РАН от 21 января 2003 г. № 22 Институту присвоено имя Ю.Г. Шафера.

На основании приказа ФАНО от 14.05.2018 г. №387 Институт реорганизован в форме присоединения в ФГБУН Якутский научный центр СО РАН, с 07.02.2019 г. переименованный в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр «Якутский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук»

Основные научные направления:

Астрофизика космических лучей
Солнечно-земная физика