В 1932 г. во время 2-го Международного полярного геофизического года в г. Якутске была создана магнитная станция. В 1960 г. она была преобразована в лабораторию физических проблем Якутского филиала Сибирского отделения Академии наук СССР.

В 1964 г. магнитная обсерватория перенесена на 10 км южнее Якутска, магнитные приборы заменены на более новые. Обсерватория была оснащена протонными магнитометрами ПМ-1 и КПМ-TZ, магнитным теодолитом Бамберга, кварцевым QHM-магнитометром, кварцевыми вариометрами разработки В. Боброва, в том числе с ускоренной протяжкой, а также установкой земных токов, впоследствии замененной на трехкомпонентную флюксметрическую установку (ТФУ). Имеется архив магнитограмм с 1933 г.

В 2007 г. магнитная обсерватория была оснащена современными магнитометрами в рамках соглашения о международном сотрудничестве между Институтом и Геофизическим центром г. Потсдам (GFZ), Германия. С 2010 г. магнитная обсерватория Якутск является участником программы INTERMAGNET.

На территории площадью 37212 кв.м. имеются три павильона для геомагнитных наблюдений: технический павильон (23.6 кв.м.), вариационный павильон (65.7 кв.м) и абсолютный павильон (28.4 кв.м.).

Осуществляется беспроводное соединение с главным зданием Института для передачи данных наблюдений по радиоканалу.

В основном здании обсерватории расположены фотолаборатория, помещения для обработки данных, мастерская, бытовое помещение. Три павильона для геомагнитных наблюдений располагаются на расстоянии ~ 1 км от основного здания. Технический и абсолютный павильоны имеют размеры 4×6 м, вариационный павильон 6×10 м. Все павильоны построены из дерева. При изготовлении абсолютного и вариационного павильонов использовались немагнитные материалы.