Библиотека Института сначала формировалась как научный архив, где накапливались только материалы наблюдений космических лучей, метеорологические данные и данные радиозондирования атмосферы. Там же хранились переводы инострСамсонова Л.М. и Оглобина Н.А.анных научных статей. Сотрудники приносили свои книги по физике, математике, справочники, словари и другую научную литературу.

Официально библиотека была образована в феврале 1963 года. Размещалась она в одной маленькой комнате в старом здании Богородицкой церкви. Работали в ней тогда сотрудники по совместительству.

С переездом Института в 1975 году в новое здание, библиотека разместилась на втором этаже с читальным залом и абонементом.

Библиотека комплектуется в соответствии с тематикой научно-исследовательских работ Института. В настоящее время библиотека имеет большой фонд научной литературы – более пятидесяти тысяч документов, в том числе более пятнадцати тысяч иностранных. Особое место занимают Труды международных конференций, которые привозят с собой и сдают в библиотеку участники этих научных форумов. Выделены отдельно сборники трудов ИКФИА, «Резервно-страховой фонд» и архив Ю.Г.Шафера.

В состав библиотеки входит научный архив, где собран, накоплен и систематизирован большой массив экспериментальных данных с начала организации Института. Первичные данные представлены в виде записей, фотопленки и бумажных носителях, материалы обработки в виде таблиц и графиков.