В настоящее время Институт занимается проведением фундаментальных научных исследований по направлениям:

• астрофизика космических лучей;

• солнечно-земная физика.

Исследования ведутся по Программе фундаментальных научных исследований в Российской Федерации на долгосрочный период (2021 — 2030 годы)

В соответствии с госзаданием, ИКФИА СО РАН выполняет 4 базовых проекта на период 2021 – 2025 гг.:

«Исследование свойств космических лучей в области энергий 10^{15} — 10^{19} эВ по данным многолетних наблюдений на Якутской комплексной установке ШАЛ» (Руководитель Иванов А.А.);

«Ускорение солнечных космических лучей в атмосфере Солнца и воздействие крупномасштабных структур солнечного ветра на пространственно-временное распределение космических лучей в гелиосфере» (Руководитель Петухов С.И.);

«Исследование магнитосферно-ионосферных возмущений по данным Якутской меридиональной цепочки станций в начале 25 цикла солнечной активности» (Руководитель Баишев Д.Г.);

«Исследование связи термодинамического состояния высокоширотной верхней и средней атмосферы с параметрами солнечной активности по данным оптических измерений и дистанционного зондирования» (Руководитель Николашкин С.В.).